A Unitrabalho surgiu por iniciativa de um grupo de reitores engajados em fazer com que a universidade brasileira passasse a contemplar em seus programas de pesquisa e extensão, de forma relevante e sistemática, as questões relativas ao mundo do trabalho.
O que movia esse grupo de dirigentes era o interesse em estimular e promover a relação entre o mundo acadêmico e o mundo do trabalho, democratizando o acesso dos trabalhadores ao conhecimento produzido na universidade.
As discussões começaram em 1992, envolvendo reitores, professores universitários e dirigentes sindicais. No ano seguinte, aconteceram reuniões entre o Conselho de Reitores das Universidades Brasileiras (CRUB) e representantes da Central Única de Trabalhadores (CUT).
No final de 1993, uma delegação composta por reitores, sindicalistas e pesquisadores foi à Alemanha conhecer experiências de cooperação entre universidades e organizações de trabalhadores.
Em abril de 1994, foi constituída uma coordenação executiva provisória, composta por cinco professores. Ela desenvolveu a proposta de criar uma rede de estudos e pesquisas sobre o trabalho, para ser debatida no meio acadêmico e sindicalista.
Ao final de três anos de discussões, em 27 de março de 1995, foi realizada a primeira reunião do Conselho Diretor da Unitrabalho, no Teatro da Pontifícia Universidade Católica de São Paulo, sob a presidência do reitor da Universidade Federal de São Carlos.
Nesse encontro, foi aprovado o Protocolo de Intenções de implantação da Rede Interuniversitária de Estudos e Pesquisas sobre o Trabalho – Unitrabalho, assinado por 32 representantes de universidades.
Ali também foram eleitos o presidente e o vice-presidente, bem como uma coordenação executiva, constituída por quatro membros, representando a Universidade Federal de Santa Catarina, a Universidade de Brasília, a Pontifícia Universidade Católica de São Paulo e a Universidade Federal de São Carlos.
Na primeira reunião do Conselho Deliberativo, realizada em Florianópolis em 18 de março de 1996, definiu-se que a Rede seria constituída juridicamente sob a forma de fundação de direito privado, sem fins lucrativos. Os Estatutos foram aprovados e foi eleita a primeira direção da Unitrabalho.
Em 16 de julho de 1996, foi lavrada a Escritura Pública da Fundação Interuniversitária de Estudos e Pesquisas sobre o Trabalho, no 26º Tabelionato de Notas de São Paulo (livro 1438, fls. 235).
Os reitores decidiram que todas as Instituições de Ensino Superior que se associassem até 31 de dezembro daquele ano seriam consideradas fundadoras da Unitrabalho. Ao final de 1996, a entidade contava com 61 instituições associadas.